De collectie in en na de oorlog

Tweede Wereldoorlog
In mei 1940 moest de Waag op last van de Duitse bezetter de deuren sluiten. Tussen 1939 en 1942 trachtte men de collectie in veiligheid te brengen door hem over te dragen aan het Stedelijk Museum, terwijl een aanzienlijk aantal bruiklenen aan de diverse particuliere bruikleengevers werd geretourneerd.
Uiteindelijk werd de bij het Stedelijk Museum ondergebrachte collectie van ruim 600 voorwerpen toch, op 28 april 1943, onder dwang overgedragen aan de Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg en weggevoerd naar het Institut zur Erforschung der Judenfrage in Frankfort.

Terugkeer van de collectie
Na de oorlog was Majoor D.P.M. Graswinckel van de Stichting Nederlands Kunstbezit erachter gekomen dat de collectie van het museum zich bevond in Hungen. Vanwege de bombardementen op Frankfurt was het Institut zur Erforschung der Judenfrage tijdens de oorlog hier naartoe verplaatst.
Men bracht de boeken, documenten en voorwerpen naar het nabijgelegen Offenbach Archival Depot, opgericht door het Amerikaanse leger om het culturele erfgoed zo goed mogelijk terug te bezorgen naar de rechtmatige eigenaars.
In drie transporten keerde de museumcollectie terug naar Nederland. Eerst een deel in maart 1946 onder leiding van Graswinckel, daarna in september en november van dat jaar door de joodse antiquair Lion Morpurgo. Deze was aangesteld als officier Civiele Dienst om het terugvoeren van in Duitsland aangetroffen joodse rituele voorwerpen te bevorderen. Na de recuperatie bleef Morpurgo zich inzetten voor het Joods Historisch Museum door in 1947 als conservator zitting te nemen in het nieuw geformeerde bestuur.
Het aantal teruggekeerde voorwerpen bleek veel kleiner dan het aantal ingeleverde. Van de 610 verdwenen voorwerpen zijn er uiteindelijk circa 140 weer naar het museum teruggekomen.